忽必烈“培养”多年的察合台长子木秃干之孙八剌派往中亚，成功地将木八剌沙拉下马，自己做了察合台汗。

忽必烈意在搅乱中亚地区察合台系与窝阔台系的关系，不久，察合台汗八剌与窝阔台系宗王海都开战。

但很快，海都、八剌和钦察汗国君王在塔拉斯河会盟，公开反对元朝和伊利汗国，并商议以海都为盟主，开始讨伐元朝。

十六日，忽必烈发布《至元改元诏》，取《易经》“至哉坤元”之义，改“中统五年”为“至元元年”。

春，阿里不哥所驻营的阿力麻里大饥，军心愈亦涣散。阿里不哥计出无奈，被迫向忽必烈输诚。长达五年的汗位纠纷由此结束。

阿里不哥兵败后，被忽必烈幽禁。

这次内战导致了蒙古内部的巨大分裂。当时的蒙古各大汗国中，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国都支持阿里不哥，唯有伊尔汗国支持忽必烈。

阿里不哥失败后各大汗国纷纷独立。

忽必烈设立了专门管理全国佛教事务和西藏地方军政事务的机构——总制院，让时年29岁的八思巴掌管。

忽必烈升开平为上都，改燕京为中都，同时将燕京行中书省并入中书省，大批汉人、色目人中的有才华之人得以重用。

忽必烈与阿里不哥的战事还在胶着状态，金末红袄军首领李全的养子李璮，已被忽必烈加封为江淮大都督，突然将所控制的苏北地区献给南宋，并接受南宋颁授的保信宁武军节度使一职。

忽必烈设立燕京行中书省，又因李璮的岳父王文统有才学而授以平章政事。忽必烈得知李璮起事后，立即杀掉王文统。立即调集重兵，仅两月时间即平定李璮的叛乱，李璮跳水自尽未果，被抓获，由右丞相史天泽下令处决。

忽必烈下诏，严禁军队放养马匹糟践农田，同时要求地方官吏加强农桑建设。

他还在之前发行纸钞的基础上，正式在全国全面发行“中统元宝交钞”。

休养生息使得经济恢复，因此交钞发行后效果不错。

忽必烈发行纸币，因当年年号中统，称为中统元宝交钞，简称中统钞。中统钞没有赎回时间，可以无限期流通。

这张中统元宝交钞长164毫米，宽93毫米，使用桑麻皮等原材料制作成钞造专用纸，颜色发灰、质地较薄，具有柔韧性。上方横印“中统元宝交钞”字样，下方为缠枝花纹边框。元中统元宝交钞壹贯文省。“中统元宝交钞”为钞名，“壹贯文省”为金额。

忽必烈抵达新落成的开平府，支持者西道诸王和东道诸王纷纷来到，率先召开“忽里勒台”大会，推举忽必烈为蒙古大汗。

忽必烈在即位诏书《皇帝登宝位诏》中，自称为“朕”，称他的哥哥元宪宗蒙哥为“先皇”，也就是说，忽必烈既是大蒙古国大汗，同时也是大蒙古国皇帝。

蒙哥去世后，元睿宗拖雷第七个儿子阿里不哥行动迅速。先模仿其父拖雷在铁木真去世后采取的有效措施，即以监国身份行使职权，接着任命脱里赤为达鲁花赤，行权于燕京，行政号令天下。

忽必烈从蒙宋前线率军抵达燕京，正在召集民兵的脱里赤猝不及防，被忽必烈一举拿获拘禁，所招募的民兵也被遣散了。

入秋，阿里不哥命旭烈兀汗长子药木忽儿及其他宗王数人率左路军向南进军，与忽必烈的先锋移相哥、纳邻合丹等大军正好相遇。两军大战，阿里不哥兵败。这次战役的结果是阿里不哥退出和林，向其母后唆鲁禾帖尼的封地谦州逃去。

阿里不哥战败退居谦州后，军队粮草得不到及时的补充。忽必烈又下令封断运送粮草的官道，致使阿里不哥的军队陷入饥荒中。

在此关键时刻，察合台汗国可汗阿鲁忽又背叛他，停止为阿里不哥收集粮草，转投忽必烈。当时阿里不哥正在与忽必烈激战，阿鲁忽叛变的消息传到漠北时，阿里不哥再也无心恋战，节节败退。

正在此时，山东李璮叛变投降南宋，忽必烈不得已退兵，给了阿里不哥喘息之机。

忽必烈当了大汗不久，封八思巴为“帝师”。

夏，忽必烈在开平城宣布即大汗位，完全打乱了阿里不哥的预谋。阿里不哥只得匆匆在驻夏据地阿勒泰山中，召集留守漠北份地的诸王宗戚，举行大会，并在会上被拥立为大汗。

这样就出现了两大汗相抗衡的局面。站在阿里不哥一方的有影响的东道诸王似乎很少，但他从西道诸王那里获得的支持，又要多于忽必烈。

已故元宪宗蒙哥的旧臣，几乎一边倒地支持阿里不哥，被排除在“选汗”资格之外的察合台系、窝阔台系后王，也多数表态予以支持，因为他们清一色是游牧、保守、传统的价值观，也就是说，在河西走廊和蒙古高原，基本都是阿里不哥的支持者。

忽必烈的支持者主要集中在中原地区，包括陕西、河南等地。

春，高丽国王逝世。

忽必烈派兵护送高丽王子王禃归国即位，是为高丽元宗。

同时宣布在高丽境内实行大赦，送还高丽俘虏及逃入辽东的民户，禁止蒙军边将侵扰高丽，以抚民心。

19日，拖雷之子，忽必烈的异母之弟末哥派人快马加鞭，将蒙哥的死讯告知忽必烈，明确建议他尽快北返，采取措施承继大位。

但忽必烈刚到达鄂州地区（今武汉市）后没多久，对于穆哥的建议，忽必烈并没有接受，反而认为“吾奉命南来，岂可无功返还？”要继续攻打南宋，希望用征宋战役的成功来证明自己的能力，为他夺取汗位增加筹码。

11日，钓鱼城久攻不克，当蒙哥登上观察城内的高台准备探明情况时，被王坚将军发现了，他立刻掉转抛石机，对准蒙哥所在的高台进行攻击，高台被砸毁坍塌，蒙哥也被甩出几十米开外，身负重伤，不久就在军中去世。

蒙哥亲率蒙汉联军，从今陕西、甘肃地区南下，经由剑阁古道攻入四川，以图和忽必烈军形成掎角之势，完成对南宋的战略包围。

蒙军攻克阿拉伯哈里发国都城报达，立国五百余年的哈里发政权被灭亡。

蒙军同样对这座大都市进行了屠城，据说，当时幼发拉底河、底格里斯河两条大河的河水都变成了红色。

元朝兵临城下，南宋的官员纷纷逃遁，文天祥临危受命，出任右丞相。听政的谢太后却根本没有抗击的盘算，只是命令文天祥率领若干要员，到元军中和谈。文天祥到敌军中，进行不屈不挠的抗辩，并且痛斥降元的官员。

元朝统帅伯颜很快发现，唯有文天祥是个伟丈夫，就乘机将他扣留。临安的南宋小朝廷没有了主心骨，只能成为一条无脊梁的狗。

蒙哥钦定忽必烈在元朝开平府大安阁举办佛道大辩论，辩论的核心问题是讨论《老君八十一化图》和《老子化胡经》的真伪，即道家创始人老子有没有“胡化”。

佛道双方围绕十四个辩题展开辩论，但主办方数次打断道家的发言，言语间刻意刁难道家。

此次辩论的裁判八思巴居然公开站到佛教一边，与佛教联合共同反击道家。

忽必烈让道者表演“入火不烧，刀枪不入，白日上升”等法术。这种绝活本来就是假的，自然无法现场表演，道家只好认输。

按照辩论前的君子约定，道家输掉辩论的话，要把头发剃成光头。全真教多位高人当场气死，忽必烈和八思巴在帐篷里举行盛大的晚宴，弹冠相庆表示祝贺。

由于这一年是农历戊午年，这场辩论又被称为“戊午佛道之辩”。

看到蒙哥对自己有所不满，忽必烈在谋士的建言献策下，亲赴蒙哥大营。

兄弟两人畅谈了一宿，忽必烈不断下跪，表示忠心，说到动情之处，甚至潸然泪下。

元宪宗蒙哥显然被忽必烈打动了，手足之情完全占据了上风，两人得以尽释前嫌。

蒙哥召集了“忽里勒台”大会，议定征服南宋、统一中原的战略目标。

伊斯兰教亦思马因派建立的木剌夷国，因屡次派人妄图刺杀蒙哥。蒙哥大怒，派遣三弟旭烈兀率军西征。

姚枢向忽必烈建议在蒙宋交界地段屯垦戍边，忽必烈赞同姚枢的建议，在征得了蒙哥同意后，在河南、陕西等地实行屯戍军队，构置工事，耕战结合。

夏天，窝阔台与察合台两系，在窝阔台早年属意的孙子失烈门的带领下，准备假借为蒙哥庆贺为名，一举消灭拔都和拖雷系，结果，被早就被蒙哥抓了个现形。

蒙哥没有犹豫，可能他对父亲拖雷去世后的种种不公的对待早已怀恨在心，总之，他借机大开杀戒，除掉了包括堂嫂海迷失在内的（窝阔台）贵由系宗王四十余名，以及窝阔台系将领、大臣计两千余人。