吴三桂占领贵阳后，兵分两路，一路由其亲率主力东出入湘，攻入湖南；一路由他的大将吴屏藩率领北上入蜀。

康熙提前派出的八旗应急先遣部队都尚未能够到达前线，吴三桂率部长驱直入，“五千里无只骑拦截”，仅仅一个月时间，湖南全境便告沦陷。四川一路同样如此，凡吴军所到之处，清军几乎是望风披靡，四川巡抚、提督、总兵等高级将官先后或从叛或投降。

孙延龄举兵附逆，投向吴三桂，诛杀了都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人，幽禁马雄镇和他的眷属。康熙皇帝下诏剥夺他的官爵，并对他扬言讨伐。孙延龄于是上书康熙皇帝说金光祖、马雄等人密谋王永年等人谋害他，所以才谋反，康熙皇帝斥责他的诬陷，并下令平南王尚可喜与两广总督金光祖筹划进攻孙延龄。孙延龄自称安远大将军，将檄文送到了平乐、梧州等地。

兵部郎中党务礼等人在贵阳，他们本来是受朝廷委派，给吴三桂搬迁备办所需夫役、粮草和船只的，眼见兵丁不听调遣，云贵总督甘文昆便将吴三桂叛乱的消息告诉他们，催促他们速去北京告变。

镇远守将已奉吴三桂密令，严禁任何人出入，且不提供驿马。无奈之下，党务礼一行人只好化整为零，分头设法突围。党务礼和户部员外郎萨穆哈率先弄到了两匹马，两人急驰至湖南境内，在脱离吴三桂的控制区后，这才得以乘驿马急往京师。

27日，经过十一个昼夜的连续奔驰，党务礼、萨穆哈终于到达北京。他俩直奔兵部衙门，一到衙门前，便双双抱着柱子晕了过去。营吏们急忙上前将他们扶住，有人端来两大碗水，拨开他们的嘴巴，将水灌了下去，过了好久，两人才缓缓苏醒，然后便竭尽全力，拼命大喊：“吴三桂反了！”“吴三桂反了！”……

30日，康熙皇帝任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，率诸将及一万余军队前往荆州，据江固守，以遏制吴军北进之路。

7日，吴三桂亲率二十余万人马自昆明出发，向贵州逼近。

云贵总督甘文焜与朱国治同为康熙安插在云贵地区的钉子，其时他正在贵阳，闻听吴三桂反叛，急欲统兵抵御，可是却发现无人从命。

督标兵丁给他的答复竟是：“大人若从吴王（吴三桂），唯命是从，若助大清，某等不能。”原来甘文昆有一段时间因母亲去世而回京治丧，吴三桂遂借训练为名，乘虚而入，对督标兵丁进行了收买，兵丁们受到吴三桂的煽惑，都说：“吴王恤我贫乏，赏我功劳，重我才勇，吴王于我辈恩甚厚。”

12月28日，距离吴三桂答应撤藩启程的前两天，天色尚在朦胧之际，吴三桂将藩下官兵集合于大殿，众人脱掉帽子，剪掉脑后的辫发，以显示与清廷的决裂。

吴三桂（63岁）杀云南巡抚朱国治（任江苏巡抚时杀苏州才子金圣叹）举兵叛乱，并向尚之信、耿精忠统治地区发出檄文，要他们跟着叛清。

吴三桂宣布要恢复明朝，并自称为“天下诏讨兵马大元帅”。

三藩之乱开始，一年之间叛乱波及十一个省的广大地区，尤其在物产丰富的两湖、江西、两广、云贵的极大多数地区为叛军占领，广西将军孙延龄、四川巡抚罗森、陕西提督王辅臣、广东尚之信、福建的耿精忠等许多地方大员纷纷叛清，军事上取得暂时的优势。

前往云南的撤藩使臣折尔肯等人到达云南。在云南的归化寺，突然有一群庄园的农民跑出来迎接使臣，并请求皇帝不要撤藩。折尔肯急忙声明：“吴王（指吴三桂）自请移家，你们这些人谁敢说不让他走？”随即下令逮捕了为首者。这些庄民其实都是吴三桂所唆使，为的是对迁移进行拖延。

康熙皇帝所委派的撤藩使臣分别奔往云南、广东、福建。

前往云南的是折尔肯、傅达礼、王新命三人。

康熙皇帝深知云南之行可能存在的风险，因此于折尔肯等人启程之日，特遣侍卫各赐御用佩刀一口、良马两匹，以示关怀，并壮其声势。

因尚可喜上疏请求养老辽东被撤番的消息很快就传到了云南、福建，吴三桂、耿精忠也假意向朝廷上疏，请求撤藩“以探朝旨”。

康熙皇帝（19岁）清醒地注意到三藩势力膨胀对政局的严重威胁，早有撤藩的考虑，当吴三桂、耿精忠撤藩疏上达朝廷时，就顺水推舟，立即批准，命令三藩回到自己的老家，将地方行政移交有关总督、巡抚管辖。

三藩之乱

17日，康熙皇帝命平南王尚可喜全藩撤离的诏书由钦差专程送达广东。

尚可喜一直态度恭顺，“拜命之后，即缮书称谢”，并陆续题报“起程日期、家口马匹数目”。

平南王尚可喜因受其子挟制，上疏请求养老辽东，“臣已年七十，精力已衰，愿归老辽东”，但请求留其子尚之信袭平南王爵，继续镇守广东。

康熙皇帝（19岁）认为这是个撤藩的大好机会，便以此为引线，立即批准尚可喜告老还乡，但不准其子继承爵位。

三藩之乱

孙延龄所统辖的都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人一起列举孙延龄在广西纵兵为祸，戕害人民的罪状，写成文书上报给两广总督金光祖，金光祖听说这件事之后上奏给清廷。

康熙皇帝派遣侍郎勒德洪按律调查孙延龄的罪状，最终查出孙延龄的罪状属实，勒德洪请求逮捕孙延龄并将其治罪，康熙皇帝特命宽恕他的罪过。

吴三桂举兵叛清，康熙皇帝命孙延龄为抚蛮将军，与广西巡抚马雄镇一起镇守广西并合谋剿灭吴三桂叛军。

在我国的漠西厄鲁特蒙古族中，有一支游牧在巴尔喀什湖以东、天山以北和伊犁河流域的强悍部落叫“准噶尔部”。

准噶尔部噶尔丹杀死其兄僧格，夺取了准噶尔部的统治权。

噶尔丹上台后统治了漠西厄鲁特四部，而且占领了天山南麓各回城，势力达到青海、西藏地区。

6月8日，康熙皇帝（16岁）指挥“布库”（满语摔跤）少年在皇宫南书房逮捕了鳌拜。

当鳌拜入内觐见时，宦官将一把椅子端来给他坐，鳌拜也就像往常一样大模大样地坐了上去，他不知道，这把椅子的后腿事先已被弄折，是重新安上去的。

接着，康熙命人给鳌拜献茶，这只茶碗事先用开水煮过，很烫，鳌拜拿不住，茶碗一下子便掉在了地上。摔碗即是信号，侍立在鳌拜身边的宦官趁机拉了一把椅子，椅子腿再次折断，鳌拜猝不及防，当即摔倒在地。

还没等他爬起来，康熙就大声呵斥道：“鳌拜你好大胆子，敢对朕无理！”早已埋伏在书房周围的小布库们应声而出，一拥而上，将鳌拜擒住。

又以三十条罪状将他永远拘禁，康熙亲自审问鳌拜，鳌拜突然揭开自己的衣服，露出了当年为救皇太极而留下的累累伤痕。康熙不由大为动容，遂下令赦免鳌拜死罪，改为终身监禁，但不久便死于狱中。其他党羽多被处以极刑擒。

汉人杨光先诬告汤若望案被南怀仁揭发，杨光先被判处死刑，康熙皇帝念其年迈将其赦免，最终将其罢官还乡，死于途中。

同年，康熙皇帝将汤若望平反。

索尼已故，苏克萨哈被杀，四大辅臣只剩下一个无足轻重的遏必隆，鳌拜更加肆无忌惮，结党营私，疯狂地扩张自己的权力和财富；并以维护祖宗之法为借口，把顺治时期的某些进步改革一个一个地推翻；朝廷所有政事，均由他一人决断；鳌拜还欺负康熙皇帝年幼，经常在康熙面前呵斥大臣，甚至吼叫着同康熙争吵不休，直到康熙让步为止。对于康熙皇帝的有些诏令，他也敢公开抗旨。

十三日，在康熙亲政的第六天，苏克萨哈上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝，他说如果能够如愿解职守陵，则“如线余生，得以生全”，暗示正是因为鳌拜过于专横，自己才不得不隐退。

苏克萨哈已经卸任，那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。

鳌拜罗织了二十四条罪状，上奏处死苏克萨哈。

康熙皇帝和孝庄太皇太后面对鳌拜和诸王大臣集体上奏苏克萨哈案及其判断书时，“坚执不允所请”。

鳌拜到康熙面前与之进行辩论，而且一连数日不肯罢休。鳌拜党羽、安亲王岳乐跟着领衔启奏，继续把苏克萨哈往死里整，并当场揭发苏克萨哈曾对康熙有轻蔑之语。在他的推波助澜下，畏惧鳌拜的诸王大臣全都脱下帽子，“免冠叩头”，意思是宁冒着被摘乌纱帽之险，也坚决奏请杀掉苏克萨哈全家。

面对诸臣的跪请，康熙皇帝万不得已，被迫做出让步，同意按原议处置，只将苏克萨哈的凌迟改为处斩。

苏克萨哈除他自己被害外，共被诛四子十二孙。

初七（8月25日），康熙皇帝（14岁）依照规定，开始亲政。康熙皇帝决定废除四大臣辅政体制，实行亲政。

康熙即位之时的四位辅政大臣之首索尼，总掌启奏批红等大权，因病去世。

吴三桂在不得已的情况下，只好以“目疾”为名，具疏请求解除其云贵两省事务。

他的奏疏中带有明显的试探和要挟意味，可是这一伎俩并未奏效，康熙立即降旨，在说着“王久镇严疆，总理两省，勋劳茂著”之类客气话的同时，毫不客气地收回了吴三桂总管滇黔两省的特权。

康熙令吴三桂与云贵督抚、提镇酌情裁兵，共节省额饷百余万两。

朝廷开始限制“西选”，凡吴三桂题补各官，多不准行。

吴三桂上疏说：“今天下大定，文官仍听吏部诠选，臣不敢题请。”殊不料朝廷来了个顺水推舟，正好将吴三桂的用人题补之权裁了个干干净净，之后凡云贵、广东、福建文武官吏的升降、调动，一概收归吏、兵两部管理。

鳌拜集团提出，多尔衮在圈地时偏袒正白旗，不符合祖宗定制，要求镶黄旗与正白旗互换土地。

“互换”的借口下再度掀起圈占土地的逆浪，圈换土地三十一万垧（一垧为十五亩），迁移壮丁六万余人，造成十万人民流离失所，中原社会生产又一次遭到破坏。

16日，廷议将钦天监监正汤若望、钦天监官员刻漏科杜如预、五官挈壶正杨弘量、历科李祖白、春官正宋可成、秋官正宋发、冬官正朱光显以及中官正刘有泰等皆凌迟处死。

但不久天上出现被古人认为不祥之兆的彗星。接着京城又突然发生了大地震，“且一连地震三日，人皆露宿，惴惴不安。”皇宫在地震中遭到破坏，而且有宫殿着火。清统治者视其为上天示警，正所谓“天垂象，示吉凶，圣人则之”。不久以后获孝庄太皇太后懿旨释放汤若望：“汤若望向为先帝所信任，礼待极隆，尔等欲置之死地耶？”汤若望因此得以获释免死。钦天监官员杜如预、杨宏量免死，但是李祖白等五人依然被斩（一说被绞刑）。

孙延龄怂恿孔四贞请求朝廷准许他们出镇广西，康熙帝因为孙延龄是个德才兼备的额驸，而且孔四贞长年生长在军中，熟悉骑射，精通军事，所以授予孙延龄镇守广西的职务，代替缐国安统辖孔有德的旧部。

清廷封孙延龄为上柱国、光禄大夫，世袭一等阿思尼哈番、和硕额附、镇守广西等处将军，孔四贞为一品夫人。并且授予孔四贞郡主的仪仗，和孙延龄一起前去广西出镇。

后来孙延龄夫妇举家南下，孙延龄便渐次排挤了孔四贞，夫妻感情恶化，而且孙延龄渐渐骄纵。

用联姻的方式来促进满蒙联盟一直是清廷国策，清廷以皇室之女下嫁于蒙古王公。

当孝庄太皇太后准备为康熙皇帝举行大婚时，却一改习惯做法，决定从辅臣的女儿中册立皇后——虽然仍是政治联姻，但要联姻的对象已经变成了辅臣及其家族。

因鳌拜飞扬跋扈，其女儿从名单中给剔除。

遏必隆庸懦无主见，其女儿进宫为妃。

索尼在辅臣中被列于首位，其孙女赫舍里氏册立为皇后。

苏克萨哈对索尼看不上他而耿耿于怀，遂力阻册立赫舍里氏为后，遏必隆、鳌拜各怀心思，便也随其一同前往慈宁宫面见孝庄，但孝庄未能撼动。

费扬古之子倭赫是康熙皇帝身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。

鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛（鳌拜之弟）。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。

已年过古稀的汤若望突患脑出血致半身不遂，不能正常行走，连说话也含混不清。

清初守旧派官员杨光先趁此机会再度发难，以“历法错误”“传播邪教”“大逆谋反”等罪名，上疏参劾汤若望，要求将汤若望等人“依律正法”。

礼部在收到杨光先奏疏的当天，即上呈四辅臣大臣，辅臣们立即下令，将汤若望、南怀仁等传教士以及几名信奉天主教的钦天监官员逮捕审讯。

汤若望案，因杨光先把发难重点集中于汤若望的“历法错误”，所以也称康熙历狱。

就在这时，北京发生了一场大地震。舆论认为，这次地震是上天的示警，是对汤若望被处以极刑的愤怒与惩罚。紧接着皇宫中突然起火，也同样被视为上天在继续示警。四位辅臣进退维谷，只得一起去面见孝庄，口称：“汤若望罪案，须奏请太皇太后懿旨定夺。”

太皇太后动怒，四个辅臣对汤若望下达了“着免死”的决定，将其和南怀仁等其他传教士陆续予以释放，但仍将五名信仰天主教的钦天监官员处斩，而原居内地的传教士则被一律驱至澳门。

20日，农历春分，康熙皇帝玄烨生母佟佳氏病逝（24岁）。